Dopo il terremoto del 1693, per ospitare la statua del Cristo alla Colonna, miracolosamente recuperata, fu subito edificata la Cappella nel nuovo sito, sull'ameno colle della Calandra, con le stesse pietre della distrutta, antichissima chiesa di S. Maria della Cava.

  Nei 1696 l'edificio era stato ampliato, perché nella visita del vescovo Termini di quell'anno risultano fatti, oltre all'altare del Cristo alla Colonna, anche il maggiore, dedicato a S. Maria Maggiore e quelli di S. Anna e S. Corrado. I lavori continuarono negli anni seguenti, su progetto del siracusano Rosario Gagliardi. Questo illustre architetto, nella prima metà del Settecento, rielaborando in modo originale i modelli romani, realizzò diverse chiese a Noto ed il S. Giorgio a Ragusa Ibla, con le loro scenografiche facciate. La consacrazione avvenne l' 11 marzo 1725.  Ma il 6-1-1727 un altro sisma fece cadere la navata destra, quasi tutto il tetto e parte della cupola, mentre restò in piedi la navata sinistra con la Cappella del Cristo. Subito dopo iniziarono la ricostruzione e l'ornamento della chiesa, che durarono oltre trent'anni. Nel 1749 un altro architetto notinese, Vincenzo Sinatra, portò a termine il loggiato. Fra il 1750 ed il 1761 il palermitano Giuseppe Gianforma completò gli stucchi.

  Nell'ottobre 1761 l'Arciconfraternita fece il contratto con Olivio Sozzi (Catania 1690 - Ispica 1765), “per pitturare tutto il tetto della chiesa, col cappellone, le quattro vele della cubbola maggiore ed un quadro grande.” L'artista fu convinto ad accettare l'incarico dal Principe-Marchese di Ispica Francesco Saverio Statella e Gaetani; si trasferì ad Ispica nel maggio 1762 ed iniziò i lavori con l'aiuto del figlio Francesco e di altri pittori e decoratori.

  Il 19 giugno 1763 la chiesa fu consacrata dal Vescovo De Requisens quale unica Basilica del Comune. L'opera del Sozzi si protrasse fin quasi al 31 marzo 1765, giorno in cui “rese la beata anima a Dio, fra le lacrime di dolore e d'affetto dei Spaccafornani”, per il grande artista e per l'uomo tanto virtuoso e pio. Secondo le sue volontà, il suo corpo fu inumato con la veste di terziario francescano nella cappella dell'Assunta. Nel 1768 Vito D'Anna (Palermo 1718-69) marito di Luisa figlia di Olivio, dipingeva il mirabile quadro dell'altare maggiore. Nel 1895 furono riportati alla luce i resti mortali del Sozzi che vennero solennemente esposti in un'urna di vetro alla grata memoria dei cittadini.

  Il 24-2-1908 la Basilica fu eretta a Monumento Nazionale  e nel 1928 a Parrocchia autonoma. Nel luglio del 1943 due bombe tirate dalle navi degli alleati danneggiarono la navata sinistra, mentre un'altra colpì la cappella del Cristo alla Colonna , ma, miracolosamente, non esplose.

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